《风中的女王》的第二季在亨利二世国王去世后开幕，现在，弗朗西斯和玛丽成为法国和苏格兰的国王与王后，他们必须共同平衡婚姻与君主角色，应对天主教徒和新教徒之间日益加剧的宗教冲突，以及竞争对手波旁王朝争夺法国王位的野心。而此时，黑死病瘟疫正在欧洲大陆快速蔓延，夺走了成千上万人的生命，也破坏了一个国家的稳定。