明治十年，剑心、弥彦、阿薰、左之助一行乘火车来到横滨，刚到便与几个骚扰年轻女子的外国士兵发生争端，也因此结识了正直的武士时雨，他们很快成为好朋友。政治格局动荡不安，诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击。 而时雨正是所谓“新维新”运动的领导者，明治以前，他曾是佐幕派彰义队的领袖之一，其好友“鬼斩”高槻严达即死在拔刀斋剑心的刀下，而被他们所搭救的女孩朱鹭正是严达的女儿。 造物弄人，让这些恩怨纠缠的人以如此方式重逢。得知一切的剑心决定不顾一切阻止好友袭击政府的行动。而另一方面，野心家田母野打算借镇压叛乱分子的良机图谋不轨……