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主人公吉普是一个9岁的小男孩，他热爱物理和化学，梦想成为原子超人。后来，因为一起阴错阳差的事故，吉普和一个邪恶博士一起被传送到了原子世界。在这个世界里，每个化学元素都有自己的国家，生活在这里的元素居民们也有着自己不同的风俗习惯。为了对抗邪恶的博士，吉普在原子世界中展开了一系列奇妙的冒险，他利用各种化学知识一次次地挫败了邪恶博士的阴谋。最终，吉普在氡国国王的帮助下，和伙伴芯片一起打败了博士，并且成功返回到了现实世界。