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猪猪侠和阿五带着海豚伙伴聪聪继续执行南海生态调查任务。任务资料往往让人摸不着头脑，但他们凭着旺盛的好奇心、无边的想象力，解开一个又一个谜题。然而坏坏博士为了赢过猪猪侠，总是有意无意地在旁边捣乱，但猪猪侠他们总是能凭着勇气和智慧，与坏坏博士斗智斗勇，最终既保护了海洋环境和目标生物，同时将生态资料完整地记录下来。