第二季中不仅仅继续了第一季的悬念，还加入了很多新的线索：韦尔博士和谢帕德少校是否能够谱写一曲动人的爱情恋歌？福特中尉在无意中获得了幽灵族的一种酶后变得异常强大，他的命运究竟如何？ 探险队是不是能够找到新的零点模块ZPM来维持亚特兰蒂斯的正常运转？幽灵族的围攻是怎么被化解的？